Predizione di farmaci o inibitori proteici capaci di interagire con proteine coinvolte in malattie genetiche: un approccio bioinformatico basato su dati sperimentali e a disposizione dei ricercatori via internet
- 2 Anni 2004/2006
- 53.900€ Totale Fondi
Lo scopo del progetto consiste nella creazione di un sistema accessibile via internet destinato ai ricercatori che si occupano di investigare il ruolo delle proteine nei processi cellulari patologici legati a malattie genetiche. Lo strumento che intendiamo sviluppare permettera' l'identificazione di similarita' nella struttura molecolare di proteine gia ben caratterizzate funzionalmente con proteine note per essere coinvolte in malattie genetiche. Il sistema utilizza un algoritmo di confronto di strutture tridimensionali capace di confrontare in modo rapido migliaia di proteine e selezionare similarita di superficie associate a funzioni, quali ad esempio la capacita di legare farmaci o inibitori. Il risultato atteso da un simile progetto consiste nella possibile identificazione di nuovi farmaci e/o nella comprensione dei processi molecolari che portano allo sviluppo di una malattia genetica.
Pubblicazioni Scientifiche
- 2005 BMC BIOINFORMATICS
A neural strategy for the inference of SH3 domain-peptide interaction specificity
- 2007 JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
Convergent evolution of enzyme active sites is not a rare phenomenon
- 2005 BMC BIOINFORMATICS
Functional annotation by identification of local surface similarities: a novel tool for structural genomics
- 2005 BMC BIOINFORMATICS
Query3d: a new method for high-throughput analysis of functional residues in protein structures
- 2007 BMC BIOINFORMATICS
False occurrences of functional motifs in protein sequences highlight evolutionary constraints
- 2005 Nucleic acids research
pdbFun: mass selection and fast comparison of annotated PDB residues
- 2005 BIOINFORMATICS
Seq2Struct: a resource for establishing sequence-structure links
- 2008 BMC BIOINFORMATICS
FunClust: a web server for the identification of structural motifs in a set of non-homologous protein structures
- 2007 Nucleic acids research
SH3-Hunter: discovery of SH3 domain interaction sites in proteins
- 2006 BIOINFORMATICS
A novel structure-based encoding for machine-learning applied to the inference of SH3 domain specificity
- 2007 Nucleic acids research
Phospho3D: a database of three-dimensional structures of protein phosphorylation sites
- 2007 Nucleic acids research
3dLOGO: a web server for the identification, analysis and use of conserved protein substructures
- 2007 BMC BIOINFORMATICS
Local comparison of protein structures highlights cases of convergent evolution in analogous functional sites